Kopernik został wysłany na studia do Krakowa i na wydziale sztuk wyzwolonych Akademii Krakowskiej studiował od 1491 do 1495 roku. Później kontynuował studia na uczelniach włoskich, w Bolonii (prawo), Padwie (medycyna) i Ferrarze (prawo), przebywał także w Rzymie. Działo się to w latach 1496-1503.

Po powrocie z Włoch przez kilka lat mieszkał w Lidzbarku Warmińskim, gdzie rezydował jego wuj Łukasz Watzenrode, który był biskupem warmińskim. Właśnie w Lidzbarku około 1509 roku opracował pierwsze zarysy swojej teorii heliocentrycznej budowy Układu Słonecznego.

Kolejny etap swojego życia spędził we Fromborku, gdzie mieszkał na wzgórzu katedralnym. Z Fromborkiem był związany do końca życia, z kilkuletnimi przerwami na pobyt w Olsztynie.

Najsłynniejszym dziełem Kopernika jest "De revolutionibus orbium coelestium" ("O obrotach sfer niebieskich"), które zostało opublikowane w 1543 roku. Przedstawił w niej teorię heliocentrycznej budowy Układu Słonecznego, burzącej dotychczasowe poglądy. Według Kopernika to Ziemia i inne planety krążą wokół Słońca, a nie Słońce i planety wokół Ziemi, jak głosił obowiązujący w czasach średniowiecza model wyjaśniający budowę świata.

Mimo, że teoria Kopernika nie została początkowo przyjęta przychylnie, to wpłynęła na sposób patrzenia na miejsce naszej planety i człowieka we Wszechświecie. Zapoczątkowała tzw. rewolucję kopernikańską, szczególnie w naukach ścisłych.

Za czasów Kopernika technika nie pozwalała na dostarczenie przekonujących dowodów obserwacyjnych na słuszność idei polskiego astronoma, ale po zastosowaniu przez Galileusza teleskopu do obserwacji nieba (w 1609 roku), kolejne wieki przyniosły takie dowody. Ostateczne jej potwierdzenie nastąpiło gdy zmierzono paralaksy gwiazd (niewielkie zmiany pozycji gwiazd na niebie w ciągu roku spowodowane ruchem Ziemi po orbicie).

Prof. Mikulski: przodkowie Kopernika nie pochodzili z Krakowa

W czasie swojej działalności Kopernik zgromadził spory księgozbiór, który w większości uległ rozproszeniu i częściowo zniszczeniu po śmierci naukowca. Większość książek trafiała do biblioteki kapitulnej we Fromborku, skąd zostały wywiezione do Szwecji przez wojska Gustawa Adolfa i Karola XII. Być może dzięki temu niektóre z tych ksiąg przetrwały do naszych czasów.

Kopernik był nie tylko astronomem, ale prawdziwym "człowiekiem renesansu", bowiem działał także jako matematyk, lekarz, prawnik, ekonomista, a także próbował swoich sił w przekładach literatury.

Opracował "Traktat o monetach". Wygłosił go publicznie na zjeździe stanów Prus Królewskich w Grudziądzu (1522 rok). Kopernik zauważył, że jeżeli na rynku istnieją dwa rodzaje pieniądza, z których jeden jest postrzegany jako "lepszy", to będzie on gromadzony, a na rynku pozostanie głównie "gorszy", co można w skrócie opisać regułą: "pieniądz gorszy wypiera lepszy". To prawo ekonomii znane jest jako prawo Kopernika-Greshama.

W czasie swojej kariery zawodowej Kopernik pełnił funkcje takie jak sekretarz biskupa warmińskiego, lekarz biskupa warmińskiego, administrator dóbr kapituły warmińskiej (m.in. umacniał zamek olsztyński), komisarz Warmii, poseł oraz sporadycznie różne inne funkcje. Brał udział w wielu czynnościach dyplomatycznych i administracyjnych, w zjazdach stanów Prus Królewskich, sejmie krakowskim, reprezentował kapitułę podczas negocjacji z Zakonem Krzyżackim w sprawie zwrotu Braniewa.

Mikołaj Kopernik zmarł we Fromborku 24 maja 1543 roku. Jego teoria heliocentrycznej budowy Układu Słonecznego była rewolucją nie tylko w astronomii, ale dla całego postrzegania miejsca człowieka we Wszechświecie, ze skutkami filozoficznymi, religijnymi, a nawet politycznymi.